关于多期项目开发中的版本控制

大家应该都有遇到过一个项目在访谈阶段就确认了会有两期，比如一个企业网银：
第一期主要针对大陆企业
第二期主要针对香港企业

现在第一期已经开发完成，客户进入UAT阶段，同时二期也开始进入开发，且二期的开发周期是一个月，
也就是说，在这一个月内，我们需要处理一期客户所提Issue（Bug or Request Change），同时也要开发二期新功能。

问题来了：
1.一期目前客户正在测试，且会提前上线，如何保证二期开发时不影响一期的稳定性呢？
2.客户如果在一期测试时所提Issue，如何保证在二期也被完全修正呢？

目前我们是在开发流程中做了一些规范和控制，但感觉成本比较大，
问题1：在二期开发之前，我们把Souce切分成两份，一期——SouceV1，二期——SourceV2
问题2：在JIRA上用两个项目来代替一期和二期，凡事在一期出现的Issue，我们都会同样开一个至二期，保证在SouceV2下得到修改与测试

不知大家针对以上两个问题以及我们目前的做法，有没有什么更好的建议？

可以创建分支项目，基线使用一期开发完毕的版本，待一期完成之后，合并两期的版本。
这样不用去管一期的修改，专注于二期的开发；
一期完成后，要注意与二期合并的冲突。

以前我们有个项目也这样搞，结果两三个月以后，分支和主线越走越远，到最后合并及其痛苦。不过我知道这是管理的问题，不知道有没有什么好的管理办法，保证代码冲突较少。